1.飞来峰群的保护
飞来峰群为公园内最具典型和代表性的地质遗迹，并在世界地学上享有盛名，对飞来峰群的保护就尤为重要。
对飞来峰地质遗迹保护点及飞来峰推覆构造地层界线露头围栏围起来，防止人为破坏，要在围栏上设门，以供科研人员入内进行科研科考工作。
对于各飞来峰保护区，在人们可进入地方设置醒目的界碑及解说牌，加强宣传教育，增强大众保护意识。在保护区内严禁开山开矿等破坏地质遗迹和生态环境的行为，减少人类活动对飞来峰环境地质的影响。
2.地震遗迹的保护
2008年的5·12汶川特大地震在对公园造成严重损失的同时也造就了新的地震遗迹景观，合理划出并规划有较高科研科普价值地震遗迹，开展旅游活动。
对危险建筑设置围栏及明显标志，严禁游人接近有危险的地震遗址，在确保安全的前提下，有控制地允许科研人员及游人进入。
对地震遗址进行常态化维护，清理周边环境，做好地震 遗址区的绿化工作。
3.水体景观的保护
主要包括河流、瀑布，水体景观为极为脆弱的景观资源，在规划开展旅游活动的地段，要严格控制游客量，避免河流水质受到污染破坏，保护水质不受影响。
4.岩溶地貌的保护
游客必须通过规划建设安排的游览步道进入其空间内观光；划入相对应的地质遗迹保护区，内设保护区界碑、界桩，解说牌、指路牌等；以不破坏景观、不污染环境为前提设置必要的旅游设施，并控制其体量与风格；禁止随意损坏岩溶峰丛—峰林—孤峰演化系列自然生态环境，保护植被完整。合理规划旅游路线，避免破坏峰丛、漏斗等景观；在规划设计中, 应充分分析区域内独特的水文地质环境, 维持塘坝子—葛仙山岩溶地貌发育演化的自然环境; 在绿化过程中, 应选取乡土物种, 以避免外来物种的过度繁殖对岩溶地貌景观造成破坏。加强媒介宣传﹐通过各种媒介进行溶洞生态环境保护知识的普及和宣传
根据影响溶洞环境承载力的相关指标确定合理的游客流量。溶洞内合理使用光源，避免使用白炽灯，应选用发热率较低的冷光源，使其对洞内温度影响降到最低限度。
